부가가치세는 최종 소비자가 부담하도록 되어 있다. 상가투자에 있어서도 최종 소비자는 개인이 된다. 개인이 아닌 사업자인 경우 부가가치세를 부담하지 않을 수 있다.
다만, 부가가치세법상 사업자는 크게 일반과세자와 간이과세자가 있는데 일반과세자만 이러한 혜택을 받을 수 있다.
구체적으로 일반과세자가 부가가치세를 어떻게 부담하지 않을 수 있을까. 취득단계, 보유단계, 처분단계의 순서로 가면서 살펴보는 것이 이해가 편하다.
분양받은 상가나 기존 상가를 취득하는 경우 분양금액이나 매매금액에는 건물해당분 부가가치세가 포함되어 거래된다. 매수자가 부가가치세를 포함해 매매대금을 지불했으므로 부가가치세를 부담하는 것처럼 보이지만 이 부가가치세는 일반과세자로 등록해 세무서로부터 전액·환급 받을 수 있으므로 일반과세자가 부담하는 취득단계의 부가가치세는 존재하지 않는다. 물론, 이러한 혜택을 받기 위해서는 전제조건은 분양받은 상가는 분양계약일로부터 20일, 기존 상가를 취득하는 경우에는 보통 취득일로부터 20일이내에 사업자등록을 해야한다.
보유단계에서 상가를 임대하면 임대료에 대한 부가가치세를 내야한다. 하지만, 일반과세자는 임대차계약서에서 부가가치세 별도라는 조건을 달아 임차인에게 부가가치세를 받아서 내면 되므로 사실상 부가가치세를 내기는 하지만 임차인이 전부 부담하는 형태가 된다.
참고로 임차인에게 받아서 낸 부가가치세는 임대인의 수입에서도 제외된다. 처분단계에서 가장 오해하기 쉬운 부분은 일반과세자가 취득단계에서 되돌려 받은 부가가치세를 10년 이내에 매도하는 경우 무조건 환급받은 부가가치세를 되돌려 주어야 한다고 알고 있다.
하지만, 일반과세자는 매수자가 사업자등록을 일반과세자로 하는 경우와 그 이외의 경우 모두 부가가치세를 매수인에게 전가시킬 수 있다. 매수인이 일반과세자로 등록하는 경우에는 사업의 포괄양도양수계약서를 작성하면 부가가치세를 되돌려 받은 것은 그대로 인정받고 매도시 건물분에 대해 내야할 부가가치세도 납부하지 않는다. 대신 매수인이 간이과세나 개인인 경우에는 매매계약서에 부가가치세 별도라는 조건을 달아 매수인에게서 받아서 내면 된다.
물론 이 경우도 취득단계에서 되돌려 받은 부가가치세는 그대로 인정된다. 그러면 일반과세자가 되돌려 받은 부가가치세를 다시 고스란히 납부해야 되는 때는 언제일까. 이런 매도 행위를 하기 전에 임차인을 내보내고 부동산임대업을 폐업하는 경우다.
물론, 6개월마다 5%씩을 차감하므로 10년이후에 폐업하는 경우는 추징문제가 발생하는 않는다. 다만, 일반과세자로 등록한 경우라도 10년 이내에 간이과세자로 전환되는 경우에는 부가가치세 추징문제가 발생하므로 간이과세자로 전환되지 않도록 해야 한다.